辣椒素具有很强的镇痛和消炎作用 。美国国家环保总署（epa）已确认：没有发现辣椒素对人体有害的证据。主要用于单方或复方软膏剂等制剂的生产 ，广泛用于治疗关节炎、肌肉疼痛、背痛、运动扭伤和带状疱疹后遗留神经痛等疾病。

       以辣椒素作为阻止海洋生物附着的活性成分制造的无毒生物防污漆 ，大量用于海洋船舶，以防止海洋生物的附着 ，保障轮船在海洋中的正常航行，同时可大量用于 沿海地区的热电站、核电站等需要用大量海水进行热交换的设备，以防止海洋生物堵塞进水管。

        辣椒素作为害虫驱避剂，已用作制造防白蚁、防老鼠的功能塑料粒料和涂料，以供电缆、地下建筑物和民用家具制造业使用。